Nowe przepisy wprowadzają nowe rozwiązania w zakresie organizacji organów ochrony środowiska. Są one wynikiem analizy dotychczasowych doświadczeń w zakresie funkcjonowania systemu ocen oddziaływania na środowisko oraz zarządzania obszarami chronionymi, w tym zwłaszcza obszarami Natura 2000.

Podstawową zmianą jest powołanie wyspecjalizowanych służb ochrony środowiska, stanowiących pion administracji rządowej na szczeblu centralnym oraz regionalnym. Nowe organy łączą w zakresie swoich kompetencji kwestie związane z ocenami oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko, z zarządzaniem ochroną przyrody, w tym europejską ekologiczną siecią Natura 2000 oraz zagadnieniami odpowiedzialności za szkody w środowisku. Wszystkie wymienione zagadnienia, których konieczność realizacji wynika wprost z przepisów prawa wspólnotowego, wymagają dla poprawnej realizacji multidyscyplinarnych zespołów specjalistów. Są one ze sobą treściowo i funkcjonalnie zbieżne i wymagają zintegrowanego i kompleksowego zarządzania. Powierzenie tych kompetencji wyspecjalizowanemu organowi administracji rządowej pozwolić ma, w założeniu ustawodawcy, na skuteczne zapewnienie kontroli zadań związanych z procesem inwestycyjnym, a także zharmonizowania go z zarządzaniem środowiskiem przyrodniczym, jako zadaniem publicznym o charakterze ponadlokalnym.
Na czele powołanych służb stoi Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska jako centralny organ administracji rządowej, podległy ministrowi właściwemu do spraw środowiska. Na szczeblu regionalnym (obejmującym obszar województwa) są to regionalni dyrektorzy ochrony środowiska, będący organami administracji rządowej niezespolonej(...)