Placówka prezentować będzie historię Żołnierzy Wyklętych na terenie Polski po 1944 r. oraz w granicach II Rzeczpospolitej, pełniąc zarazem rolę centrum naukowego i edukacyjnego, poświęconego działalności oddziałów oraz organizacji niepodległościowego podziemia antykomunistycznego. Budowa Muzeum Żołnierzy Wyklętych jest wspólną inicjatywą Ministerstwa Kultury i samorządu Ostrołęki. Resort kultury w latach 2016-18 ma przekazać na jego budowę 35 mln zł., samorząd zadeklarował 6 mln zł.
Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce powstaje na terenie byłego aresztu śledczego UB, gdzie w latach 40. i 50. XX wieku byli więzieni, torturowani i mordowani żołnierze AK, Narodowych Sił Zbrojnych i Narodowego Zjednoczenia Wojskowego.
W najbliższym czasie rozstrzygnięty zostanie przetargu na cały projekt, czyli kompleksowy remont i adaptację budynków znajdujących się na terenie dawnego aresztu UB na cele muzeum. Jeszcze w 2016 r. rozpoczną się prace budowlane jak wyburzenie części obiektów, które powstały w ostatnich latach i wzmocnienie fundamentów wszystkich pozostałych budynków. Zasadnicza cześć robót związanych z modernizacją i adaptacją zabudowań na cele muzealne realizowana byłaby w 2017 r.
W najbliższym czasie ogłoszony zostanie także przetarg na aranżację wystawy stałej. Ta podzielona zostanie na dwie części. W pierwszej z nich prezentowane będą dokumenty, fotografie, mundury, odznaczenia i uzbrojenie Żołnierzy Wyklętych. Druga będzie miała charakter multimedialny. Na zewnątrz zrekonstruowana zostanie leśna kwatera partyzancka.
Według szacunków, w 1945 r. do niepodległościowego podziemia antykomunistycznego należało do 180 tys. osób, w tym ok. 17 tys. żołnierzy służyło w oddziałach partyzanckich. W walkach z NKWD, KBW, UB i MO poległo ponad 8,5 tys. osób, a ok. 80 tys. osób zostało aresztowanych i trafiło do więzień. Wielu z nich zmarło w wyniku tortur lub zostało straconych.