Zgodnie z projektem do rad nadzorczych spółek zarządzających strefami w miejsce przedstawiciela wojewody wejdzie przedstawiciel ministra finansów.
Jest to związane z formą pomocy publicznej udzielanej w strefach (zwolnienia podatkowe), położeniem stref na terenie kilku województw i tym, że wojewoda nie odpowiada za rozwój regionalny.
Ponadto projekt nakłada na spółki zarządzające SSE obowiązek współpracy ze szkołami ponadgminazjalnymi i wyższymi. Jej celem ma być dostosowanie oferty edukacyjnej i programów nauczania do potrzeb pracodawców.
Dodatkowo zarządzający strefami będą mieli za zadanie podejmować działania ułatwiające powstawanie struktur klastrowych w strefach.
Ponadto projekt doprecyzowuje pojęcie „pomocy publicznej”. Zgodnie z nowymi regulacjami pomocą publiczną jest zwolnienie od podatku dochodowego.
Projektowane przepisy zakładają także, że dokumentacja związana z udzielaniem pomocy publicznej (zwolnień podatkowych) będzie musiała być przechowywana 10 lat, tyle ile wydłużany tą nowelizacją okres przedawnienia roszczeń związanych ze zwrotem pomocy.
Ponadto wnioskodawca proponuje, aby cofnięcie zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie oznaczało obowiązek zwrotu otrzymanej pomocy publicznej (zwolnień podatkowych). Przedsiębiorca do czasu zwrotu pomocy nie będzie mógł uzyskać nowego zezwolenia.
Projekt zakłada również, że wniosek do ministra gospodarki o zwolnienie z podatku ma być składany w ramach przetargu lub rokowań. Możliwe będzie wcześniejsze złożenie wniosku do ministra gospodarki przez dużego przedsiębiorcę, gdy planuje on nową inwestycję na gruncie nieobjętym strefą. Przedsiębiorca taki będzie mógł rozpocząć inwestycję po potwierdzeniu przez ministra gospodarki spełnienia tzw. efektu zachęty – w tym przypadku przedsiębiorcy nie będą przysługiwać żadne roszczenia z tytułu niewłączenia terenu do strefy lub niewydania zezwolenia. W projekcie założono możliwość cofnięcia zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie na wniosek przedsiębiorcy (obecnie przedsiębiorca może złożyć wniosek o wygaszenie zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie). Przedsiębiorca będzie mógł wnioskować o wygaszenie zezwolenia, gdy przed dniem złożenia wniosku nie korzystał ze zwolnienia dochodu od podatku dochodowego na podstawie zezwolenia.
Projekt ma też na celu ujednolicenie zasad zmiany zezwolenia na działalność w strefie – bez względu na datę jego wydania, przede wszystkim w zakresie obniżenia warunku zatrudnienia.
Nad proponowanymi zmianami pracowali członkowie Komisji Gospodarki oraz podkomisji nadzwyczajnej. Komisja przyjęła sprawozdanie, w którym wnosi o przyjęcie projektu z poprawkami.
