Niestety, nadal przeważająca część gmin, która podjęła się próby odzyskania VAT-u traktuje ten mechanizm jako działanie obliczone na efekt doraźny, zapewniający możliwość wsparcia finansowego przy realizacji zadań bieżących bądź inwestycyjnych. Nie patrzy się na efekt, jaki można osiągnąć przy strategicznym długofalowym spojrzeniu na optymalizację podatkową. Mądrze przeprowadzona optymalizacja sprawi, że koszty inwestycji i realizacji wielu zadań bieżących będą znacznie niższe. Natomiast prawidłowe wdrożenie sprawi, że gmina będzie podatkowo funkcjonowała równie skutecznie, jak dobrze zarządzane przedsiębiorstwo.
Wiele gmin poradziło już sobie z odzyskaniem VAT-u od inwestycji realizowanych w ostatnich latach. Duża część skorzystała z pomocy profesjonalnych podmiotów doradztwa prawnego. Niewielka część wykorzystywała własne zasoby ludzkie i dzięki temu osiągniętymi zyskami nie musiała dzielić się z wykonawcami usług.
Gminy starają się odzyskać VAT często wchodząc w spory z organami administracji skarbowej. Niestety, podejmowane w ostatnim czasie jakiekolwiek próby ujednolicenia stanowiska tych organów oraz orzecznictwo sądowe nie dają jasnych wskazówek, kiedy gmina może starać się o zwrot VAT i nie grozi jej z tego tytułu prowadzenie długotrwałych sporów ze służbami skarbowymi. Zdumiewające jest, że przez tyle lat nie udało się wprowadzić jasnych i czytelnych reguł, wedle których JST mogłyby odzyskiwać VAT od inwestycji. Nie pomogły rozmowy ze stroną rządową w Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu. Czasem można było odnieść wrażenie, że w interesie służb skarbowych jest zachowanie statusu quo, gdyż dzięki temu wiele podmiotów nadal obawia się sięgnięcia po mechanizmy gwarantujące zwrot VAT, aby nie narazić się na czasochłonne i kosztowne spory z administracją skarbową.
Dodatkowo sprawę komplikuje specyficzna sytuacja ustrojowa jednostek samorządu terytorialnego. Gminę obsługuje urząd gminy, który działa w formie jednostki budżetowej jako odrębnej jednostki sektora finansów publicznych. Oprócz tej formy organizacyjnej bardzo często spotyka się, szczególnie w mniejszych jednostkach, zakłady budżetowe, które wykonują podstawowe zadania z katalogu usług o charakterze użyteczności publicznej. Przez wiele lat organy skarbowe traktowały jednostki organizacyjne jako odrębnych podatników podatku VAT, choć z zastrzeżeniem, że podmiotowości takiej nie przyznawały urzędom gmin. Wszystko uległo jednak zmianie wraz z ogłoszeniem uchwały NSA z 24 czerwca 2013 r. (sygn. akt I FPS 1/13), która skomplikowała relacje podatkowe gminy i jej jednostki budżetowej. Incydentalnie organy podatkowe musiały także uznać racje podatnika w kwestii jedności podatkowej gminy i zakładu budżetowego przy wykonywaniu zadań własnych gminy – wyrok NSA z 18 października 2011 r. (sygn. akt: I FSK 1369/10). To ostatnie stanowisko, gdyby było powszechnie stosowane przez służby skarbowe, zachwiałoby dotychczasowym systemem zarządzania strukturą majątku gminy.
Wiele gmin, chcąc przygotować się do procesu optymalizacji i uzyskać jak najlepsze efekty, dokonało dyslokacji składników majątkowych do zakładów budżetowych. Wprowadzone odpłatne formy świadczenia usług (dzierżawa czy najem) pozwalają na osiąganie korzyści podatkowych, jakie się z tym wiążą. Niemniej jednak ewolucja stanowiska służb skarbowych powoli doprowadza do konstatacji, że tego typu działania gmin są podejmowane z naruszeniem istoty gospodarczej umów, gdyż istnieje tożsamość podmiotowa obydwu stron umowy. Wydaje się, że takie działania wynikają z coraz większego chaosu, jaki powstał w związku z pytaniem prejudycjalnym z 10 grudnia 2013 r. NSA do Trybunału Sprawiedliwości UE o udzielenie odpowiedzi, jaki status prawnopodatkowy mają jednostki organizacyjne gminy, w tym jednostki budżetowe oraz zakłady budżetowe (sygn. akt I FSK 311/12). Trudno jest przesądzać, kiedy i przede wszystkim jakie będzie stanowisko ETS w kwestii powiazań tych jednostek, ale zachodzi obawa, że również i ono nie będzie jednoznaczne, gdyż pozycja ustrojowa tych podmiotów jest charakterystyczna wyłącznie dla polskiego systemu prawnego.
Nie przejmując się zawiłościami prawnymi, gminy wkraczają w kolejny etap optymalizacji podatkowej, polegający na wyliczeniu podatku VAT w oparciu o strukturę sprzedaży. Korzystanie ze współczynnika przez gminy jest w pełni akceptowane i pozwala efektywnie uwolnić się od VAT. Szczególnie gdy gminy prowadzą zarówno działalność opodatkowaną, zwolnioną oraz niepodlegającą VAT, delimitacja granicy poszczególnych rodzajów działalności byłaby bardzo trudna do ustalenia. Zatem stosowanie współczynnika w gminach to wyzwanie na najbliższe lata, które zaowocuje znacznymi oszczędnościami i większą efektywnością dysponowania środkami publicznymi. Dobrym przykładem odnalezienia się we współczesnym świecie podatków jest wielkopolska gmina Margonin, która poprzez umiejętny sposób zarządzania składnikami mienia przeprowadziła trzystopniowy proces optymalizacji, który zaowocował zwrotem podatku VAT od inwestycji przekraczającym 1 000 000,00 zł. To ogromna kwota, jak na możliwości inwestycyjne tak małej jednostki. Podkreślenia wymaga jednak fakt, że optymalizacja doprowadziła w Margoninie do wypracowania koncepcji realizacji inwestycji w taki sposób, aby maksymalnie zredukować obciążenia z tytułu podatku VAT. Jak przyznaje burmistrz tej gminy Janusz Piechocki, najważniejsze jest umiejętne planowanie procesu inwestycyjnego oraz umiejscowienie wytworzonego środka trwałego w strukturze majątkowej gminy.
